עמותת ידידי מגלן הוקמה בשנת 2006 ע"י מפקדי ולוחמי היחידה בעבר, ומהווה ארגון גג ובית חם לאלפי בוגרי יחידת מגלן, לוחמים ותומכי הלחימה, בעבר ובהווה, בסדיר ובמילואים.
העמותה פועלת למען חיילי היחידה, בוגריה, המשפחות השכולות ואזרחי מדינת ישראל.
העמותה הוקמה מתוך רצון לקדם מצוינות צבאית ואזרחית של בוגרי היחידה החל מטרום הגיוס, דרך השירות ביחידה ועד לפעילות האזרחית בחיי היומיום של בוגריה.
